化粪池的工作原理也就四步：粪便过滤沉淀-厌氧发酵-固体物分解-清粪液排放。
一般来说，我们把一个大的化粪池分成三格或四格，三格叫三级化粪池，四格叫四级化粪池。
粪便污水首先由厕所进水口管道排到第一格，在第一格里比重较大的固体物及寄生虫卵等物沉淀下来，开始初步的发酵分解，经第一格处理过的粪便污水可分为三层：糊状粪皮、比较澄清的粪液水、和固体状的粪渣。
粪便经过初步分解的粪液流入第二格，而漂浮在上面的粪皮和沉积在下面的粪渣则留在第一格继续发酵。在第二格中，粪液继续发酵分解，虫卵继续下沉，病原体逐渐死亡，粪液得到进一步无害化处理，产生的粪皮和粪渣厚度比第一格显著减少。
流入第三格的粪液一般已经腐熟，其中病菌和寄生虫卵已基本杀灭。第三格功能主要起暂时储存已基本无害的粪液作用。清粪污水随着排污管道排出